Nació el 18 de octubre de 1961 en Nueva Orleans. Hijo de Ellis Marsalis, un músico y profesor de jazz, sus hermanos, Branford y Deldeayo, también llegaron a ser músicos profesionales.

Inició estudios de trompeta cuando contaba 12 años. Más adelante cursó estudios en el Berkshire Music Center de Tanglewood, Massachusetts, y en la Academia Juilliard de Nueva York. Realizó una gira con el grupo Jazz Messengers del percusionista Art Blakey y con el cuarteto V.S.O.P. del pianista y compositor Herbie Hancock.

Sus obras combinan elementos de la música clásica con improvisaciones originales del jazz. En 1981 grabó Wynton Marsalis, su primer álbum como líder de su propia banda, y en 1983,Trumpet Concertos, su debut en la música clásica. Considerado como un gran maestro de la trompeta, sus grabaciones Majesty of the Blues (1989) y la trilogía Soul Gestures in Southern Blue (1991), muestran un alto grado de creatividad. En 1993 sale City Movement, partitura para un ballet moderno. En 1993, actúa con la soprano Kathleen Battle. Director artístico del programa Jazz at Lincoln Center de Nueva York.

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